Улога заштитних група је кључна у синтези пептида и нуклеинских киселина, посебно у синтези комплексних молекула као што су пептидне нуклеинске киселине (ПНА). ПНА је аналог ДНК са кичмом попут пептида, чија се главна кичма састоји од Н (2-аминоетил) - глицина и база нуклеинских киселина повезаних метилен карбонил групама. У процесу синтезе ПНА, употреба заштитних група је за заштиту специфичних функционалних група, спречавање њиховог трошења у непотребним реакцијама и обезбеђивање ефикасне синтезе и пречишћавања циљних молекула.
Избор и функција заштитних подлога
Заштитне аминокиселине: У синтези ПНА, гванидинска група аргинина има јаку нуклеофилност и алкалност и треба је заштитити да би се спречило њено уклањање у киселим и алкалним условима. Уобичајене заштитне групе укључују терц бутоксикарбонил, нитро, толуенсулфонил, трифлуороацетил, бензилоксиформил, итд. На пример, гванидинска група аргинина може бити заштићена бис алил карбонилом и коначно уклоњена помоћу паладијумске катализе.
Заштита карбоксилних група: Карбоксилним групама у пептидним ланцима такође може бити потребна заштита како би се спречило да учествују у нежељеним реакцијама. На пример, у синтези ИЛЕ Глу ( - пип), амино група ИЛЕ је заштићена ФМОЦ, док је карбоксилна група ГЛУ заштићена ТБУ.
Заштита хромофора: п-нитроанилин (хромофор у ПНА) има слабу нуклеофилност због снажног ефекта повлачења електрона нитро група, што отежава повезивање са аминокиселинама путем општих метода кондензације амида. У овом проналаску, проблем повезивања п-нитроанилина је решен тако што се прво повеже п-фенилендиамин са амино киселином, а затим се оксидира. Ова метода је еколошки прихватљивија, безбеднија и има већи принос.