Функција заштитних група је да изолује специфичне функционалне групе током процеса синтезе, штитећи их од интерференције и уклањајући заштитне групе тек након завршетка специфичних реакција да би се обновила активност циљног молекула. Процес уклањања заштитних група обично захтева благе услове како би се избегло оштећење циљног молекула. На пример, метода уклањања РОХ из заштићених алкохола је обично да се произведу етри (РОР ') или естри (РОЦОР'), а затим се хидролизују или закисели под одговарајућим условима.
Укратко, улога заштитних група у синтези ПНА је кључна, јер обезбеђује ефикасну синтезу комплексних молекула, избегава нециљне реакције и може се селективно уклонити када је потребно да се добију пречишћени ПНА производи.