Након разумевања разлога за нестабилност пептида, потврђено је на основу вишегодишњег искуства у синтези пептида да постоје следећа решења за побољшање стабилности пептида.
1) Мутација усмерена на место
Замена остатака који изазивају нестабилност пептида или увођење остатака који повећавају стабилност пептида путем генетског инжењеринга може побољшати стабилност пептида.
2) Хемијска модификација
Постоји много метода хемијске модификације пептида, при чему је ПЕГ модификација највише проучавана. ПЕГ је полимерно једињење растворљиво у води које је биоразградиво и нетоксично ин виво. ПЕГ може побољшати растворљивост пептида након везивања, регулисати биокомпатибилност, побољшати термичку стабилност, одолети деградацији протеазе, смањити антигеност и продужити полуживот ин виво. Одабир одговарајућих метода модификације и контрола степена модификације може побољшати физичку спремност или побољшати првобитну биолошку активност.
3) Адитиви
Додавањем адитива као што су шећери, полиоли, желатин, аминокиселине и одређене соли, може се побољшати стабилност пептида. Шећер и полиоли приморавају више молекула воде да окруже протеине при ниским концентрацијама, чиме се побољшава стабилност пептида. Током процеса сушења замрзавањем, горе поменуте супстанце такође могу заменити воду и формирати водоничне везе са пептидима како би стабилизовали њихову природну конформацију, а такође могу повећати температуру стакластог прелаза лиофилизованих производа. Поред тога, сурфактанти као што су СДС, Твеен, Плурониц могу спречити површинску адсорпцију пептида, агрегацију и преципитацију.
4) Сушење замрзавањем
Низ хемијских реакција које се дешавају у пептидима, као што су деамидација, бета елиминација, хидролиза итд., захтевају учешће воде, која може послужити и као мобилна фаза за друге реактанте. Поред тога, смањење садржаја воде може повећати температуру денатурације пептида. Стога, сушење замрзавањем може побољшати стабилност пептида.