Постоје две главне методе за синтезу библиотеке пептида: метода мономера и метода субмономера.
Метода мономера
Метода мономера је традиционални приступ за синтезу библиотеке пептида. У овој методи, сви заштићени мономери треба да се прво синтетишу, а процес синтезе сваког заштићеног мономера је гломазан и дуготрајан.
Метода секундарног мономера
Метода секундарног мономера не захтева мономере са заштићеним алфа амино групама. Овај метод се састоји од два корака: нуклеофилне супституције праћене ацилацијом. Метода субмономера дозвољава употребу било ког комерцијално доступног или синтетички доступног амина, са великим потенцијалом за комбинаторну хемију.